Los perros chihuahua, aunque son los canes más pequeños del mundo, suelen mostrar una actitud valiente al defender su territorio. Un estudio liderado por investigadores de la Universidad de Stanford descubrió que esta raza mexicana comparte ciertos genes con los coyotes silvestres (Canis latrans). A diferencia de trabajos anteriores, el equipo identificó marcadores genéticos específicos comunes a ambas especies mediante dos herramientas desarrolladas: Gnomix, un sistema de IA que realiza inferencia de ascendencia local para rastrear mezclas genéticas a lo largo del tiempo, y Gnofix, que corrige errores de faseado en el ADN.

Al aplicar estos métodos a 531 genomas de perros del Nuevo Mundo (previamente entrenados con 191 genomas de cánidos), confirmaron que los chihuahuas retienen cerca de un 4 % de ascendencia de canes precolombinos y hallaron segmentos genómicos compartidos con coyotes salvajes. Los autores señalan que existen evidencias de cruces intencionales entre coyotes y perros en culturas precolombinas, aunque tampoco descartan encuentros ocasionales. No se pudo precisar cuándo ni cuántas de las características actuales del chihuahua se deben a esa herencia.

El estudio también aportó datos sobre el xoloitzcuintle, perro prácticamente sin pelo de origen mexicano. Se encontró que el 4.03 % de su genoma contiene fragmentos de ascendencia precolombina vinculada a perros árticos antiguos, indicando una relación estrecha con nativos americanos anteriores a la colonización. Usando el software para localizar fragmentos compartidos y modelar la recombinación, estimaron que la mezcla entre perros europeos y precolombinos ocurrió hace más de 100 generaciones, alrededor del año 1703.

Aunque aún no hay consenso sobre el origen y momento de la domesticación de los perros, investigaciones recientes sitúan el inicio de rasgos distintivos en hace al menos 11 000 años, asociado a primeras prácticas de cría y comercio. Los autores sugieren que la heredada genética de coyotes podría explicar ciertas conductas del chihuahua, como sus particulares orejas, su forma de aullar y su territorialismo agresivo, sin implicar que desciendan directamente de los coyotes.